Die Pfarrei St. Ludwig ist gegenüber den beiden anderen Pfarreien der heutigen Pfarreiengemeinschaft Lindau-Aeschach eine sehr junge Pfarrei. Ursprünglich gehörte der heutige Pfarreienbereich zum Pfarrbezirk der Stiftskirche auf der Lindauer Insel. Nachdem im Jahr 1938 die Konsekrierung der heutigen Pfarrkirche "St. Ludwig" durch Bischof Dr. Kumpfmüller erfolgte, bedeutete der Jahreswechsel 1938/39 ein bedeutender Schritt in Richtung Selbständigkeit, da ab dem 01.01.1939 die Aeschacher Gemeinde als sogenannte Expositur in einem gewissen Rahmen selbstständig wurde. Erst nach dem 2. Weltkrieg erfüllt sich einer der größten Wünsche der Katholiken der Stadtteile Aeschach und Hoyren, denn zum 1. September 1948 wurde St. Ludwig von der Expositur zu einer selbständigen Pfarrei, nachdem nach Überwindung der Schwierigkeiten durch die besonderen staatsrechtlichen Verhältnisse Lindaus zu dieser Zeit, am 15.7.1948 vom Kreispräsident seine Einwilligung zur Errichtung der Kath. Pfarrpfründestiftung St. Ludwig und damit zur Umwandlung in eine Pfarrei erteilt wurde. In der Konfirmationsurkunde des Bischofs von Augsburg heißt es: "trennen Wir Kraft Bischöflicher Vollmacht gemäß Canon 1428 § 1 CJG die Tochterkirchengemeinde St. Ludwig in Lindau-Aeschach von der Mutterpfarrei Mariä-Himmelfahrt in Lindau (B) ab und erheben sie hiermit mit Wirkung vom 1. September 1948 zu selbständigen Stadtpfarrei."

Im Jahr 1969 wurde der Ortsteil Schachen von der Pfarrei St. Ludwig getrennt und zusammen mit Bodolz ein Teil der neuen Gemeinde St. Johannes.